Штамм омикрон коронавируса: последние научные новости, факты, наблюдения, события

Мировая общественность чрезвычайно обеспокоена растущей угрозой штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2. Связано это с тем, что новый штамм не только быстро распространяется по планете, но и характеризуется внушительным набором мутаций. Эти мутации вполне могут способствовать тому, что омикрон окажется более заразен и агрессивен, а существующие вакцины не смогут противостоять ему с должной эффективностью, что приведет к росту числа повторных заражений.

На волне хайпа вокруг омикрона Интернет переполняется сонмом тревожных сообщений. Люди волнуются: «Омикрон более заразен», «Омикрон избегает вакциноопосредованного иммунитета», «Нам нужные новые вакцины против омикрона». Некоторые более оптимистичны: «Омикрон вызывает более легкое течение болезни», «Омикрон сам себя уничтожит из-за чрезмерного количества мутаций, которые в конечном итоге лишат его возможности реплицироваться», «Омикрон в целом безвреден». Другие категоричны в своих высказываниях: «В появлении омикрона виноваты больные ВИЧ».

Не будем поддаваться панике, а будем придерживаться научных подходов в оценках.

 

Штамм омикрон: научная хронология

Январь 2022

14 января

Несмотря на то что ряд производителей вакцин готовят их модификации, приспособленные под мутационную специфику штамма омикрон коронавируса SARS-CoV-2, чиновники от американского здравоохранения полагают, что в этом нет особой необходимости.

С одной стороны, научный мир и фармацевтическая отрасль утверждают, что необходимо обновление существующих вакцин под особенности омикрона, так как их эффективность в его присутствии резко падает. С другой же, официальные лица Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) и Национального института аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID) выказывают сомнения в подобной инициативе: во-первых, к тому времени, когда новые вакцины будут готовы, волна омикрона может закончиться, и, во-вторых, повторные (бустерные) дозы вакцин организуют вполне надежную защиту от омикрона.

Есть мнение, что разумно выждать где-то пару месяцев, чтобы выяснить, станет ли омикрон преобладающим в долгосрочной перспективе штаммом, конкурирующим с дельтой, или же быстро отступит, как прочие варианты SARS-CoV-2 вроде альфа, бета, гамма.

Нынешняя неопределенность с будущим омикрона не должна отрицать факт того, что преждевременное продвижение новых вакцин сопряжено с риском и затратами, поскольку придется перестраивать производственные процессы, а это нарушит выпуск существующих вакцин, вызвав их дефицит. Опять же, неизвестно, будут ли вакцины против омикрона столь же действенны против других штаммов, поскольку последние вполне могут вспыхнуть снова или эволюционировать в другие. Куда правильнее отказаться от погони за конкретными штаммами коронавируса и выделить ресурсы на разработку универсальной вакцины, длительно и эффективно защищающей от любых мутаций SARS-CoV-2.

 

13 января

Третья (бустерная) доза вирус-векторной вакцины «Ваксзевриа»/«Ковишилд» (Vaxzevria/Covishield; AZD1222, ChAdOx1 nCoV-19, ChAdOx1-S), за которой стоит «АстраЗенека» (AstraZeneca), усиливает ответ антител на штамм омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2.

Бустер «Ваксзевриа»/«Ковишилд» также усиливает иммунный ответ на другие штаммы коронавируса, включая альфа (B.1.1.7), бета (B.1.351), гамма (P.1) и дельта (B.1.617.2).

Иммуногенность была оценена по прошествии 28 дней после третьей дозы вакцины.

Об этом сообщила «АстраЗенека», опираясь на результаты предварительного анализа данных, собираемых в продолжающемся клиническом испытании NCT04973449 фазы II/III.

Исследование проверяет безопасность и иммуногенность бустерной дозы «Ваксзевриа»/«Ковишилд» или экспериментальной вакцины AZD2816, разработанной с учетом специфики бета-штамма коронавируса. Приглашены взрослые добровольцы, причем как непривитые, так и прошедшие полный курс вакцинации из двух доз «Ваксзевриа»/«Ковишилд» или мРНК-вакцины — «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) или «Спайквакс» (Spikevax, эласомеран; mRNA-1273) соответственно авторства «Пфайзер» (Pfizer)/«Байонтек» (BioNTech) и «Модерна» (Moderna).

 

12 января

«Ададжио терапьютикс» (Adagio Therapeutics) уведомила, что разрабатываемое ею моноклональное антитело ADG20 работает против штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2.

Заявлено, что нейтрализующая активность ADG20 сравнима с таковой у других немногих моноклональных антител, которые продемонстрировали свою пригодность в борьбе с этим штаммом коронавируса.

Так, концентрация полумаксимального ингибирования (IC₅₀) у ADG20 находится в пределах 0,4–1,1 мкг/мл, что сравнимо с этим показателем для сотровимаба (sotrovimab) и «Эвушелда» (Evusheld, AZD7442) как комбинации из тиксагевимаба (tixagevimab, AZD8895) и цилгавимаба (cilgavimab, AZD1061) — соответственно разработки «ГлаксоСмитКляйн» (GlaxoSmithKline)/«Вир байотекнолоджи» (Vir Biotechnology) и «АстраЗенека» (AstraZeneca).

↓

По мнению Европейского агентства по лекарственным средствам (EMA), частые повторные прививки против коронавирусной инфекции COVID-19 могут отрицательно повлиять на иммунный ответ, перегрузив и ослабив иммунную систему, по итогам оказавшись нецелесообразными.

Как полагает регулятор, повторные бустерные дозы вакцины каждые четыре месяца — слишком частый режим прививки: ревакцинацию следует проводить реже, привязав ее к началу зимнего сезона в каждом полушарии по аналогии с иммунизацией против гриппа.

Что касается необходимости повсеместного внедрения четвертой дозы вакцин, пропагандируемой тем же Израилем, EMA пока сомневается в этом подходе ввиду отсутствия данных, которые бы его безоговорочно поддерживали. Тем не менее регулятор продолжает всесторонне изучать омикрон, чтобы предложить наиболее оптимальную стратегию борьбы с ним. Но уже понятно, что бесконечные бустеры не предоставляют выходы из пандемии, которую очень желательно привести к более эндемичному характеру.

Если говорить о вакцинах, специфичных к мутационному набору омикрона, необходимо собрать больше данных о влиянии нового штамма на имеющиеся в арсенале вакцины и лучше понять эволюцию текущей волны. Другими словами, нужна стратегия, которая не является просто реактивной, — следует выработать подход, пригодный для предотвращения будущих штаммов SARS-CoV-2.

 

11 января

Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) сообщила о рекордном за всю историю пандемии нового коронавируса SARS-CoV-2 числе заразившихся.

В период первой полной недели января 2022 года (с 3 по 9 января включительно) количество вновь инфицированных превысило 15 млн человек. Это на 55% больше, чем за предшествовавшую неделю.

Эпидемиологическая ситуация обусловлена бурным распространением штамма омикрон на фоне снижения уровня циркуляции дельта-штамма и очень низким присутствием штаммов альфа, бета и гамма.

↓

В США зарегистрировано 1,35 млн новых случаев заражения коронавирусом SARS-CoV-2, что стало самым высоким ежедневным показателем среди всех стран мира. Предыдущий антирекорд был зафиксирован 3 мая: 1,03 млн новых случаев.

Всплеск заболеваемости связан с продолжающимся распространением штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса.

Хотя омикрон вызывает, возможно, менее тяжелое течение коронавирусной инфекции COVID-19, чем другие штаммы, огромный поток больных оказывает сильнейшее давление на больничные системы.

 

10 января

Экспериментальный энсовибеп (ensovibep), разрабатываемый «Молекьюлар партнерс» (Molecular Partners) и «Новартис» (Novartis) и пригодный для борьбы со штаммом омикрон коронавируса SARS-CoV-2, обеспечил снижение риска госпитализации и/или смерти на 87% относительно плацебо среди амбулаторных пациентов с легко-умеренной коронавирусной инфекцией COVID-19.

 

Декабрь 2021

29 декабря

Циркулирующие сейчас штаммы дельта (B.1.617.2) и омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 — двойная угроза, которая влечет за собой огромное число госпитализаций и смертельных исходов. Помочь справиться с проблемой может тотальная вакцинация населения планеты. Однако меньше половины государств — членов Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) выполнили план по иммунизации 40% своих жителей.

По словам Тедроса Адхана Гебрейесуса (Tedros Adhanom Ghebreyesus), генерального директора ВОЗ, поскольку ковидная пандемия затягивается, новые штаммы коронавируса могут стать полностью устойчивыми к существующим прививкам, что потребует их соответствующей адаптации. А любое обновление вакцин потенциально означает очередной дефицит их поставок. Поэтому необходимо наращивать производство вакцин на местном уровне. Но это невозможно без объединения вакцинных технологий, когда все патенты и права на интеллектуальную собственность становятся общественным достоянием. Этого до сих пор не произошло: каждая фармацевтическая компания занята извлечением сумасшедшей прибыли.

Настал момент, когда лидеры стран должны отбросить политику популизма и корысти.

 

25 декабря

В ближайшие два-три месяца штаммом омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 заразятся 3 млрд и более людей на планете. Это эквивалентно почти 40% населения Земли.

Согласно прогностической модели Института показателей и оценки здоровья (IHME) при Медицинской школе Вашингтонского университета, усиленная трансмиссивность (заразность) омикрона приведет равно как к многократному росту числа зарегистрированных случаев коронавирусной инфекции COVID-19, так и глобальному всплеску госпитализаций. Впрочем, число смертельных исходов увеличится незначительно.

 

24 декабря

Исследователи из Оксфордского университета, проверившие нейтрализующую активность антител против штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, сделали следующие выводы:

• Третья (бустерная) доза вирус-векторной вакцины «Ваксзевриа»/«Ковишилд» (Vaxzevria/Covishield; AZD1222, ChAdOx1 nCoV-19, ChAdOx1-S), продвигаемой «АстраЗенека» (AstraZeneca), потенциально может защитить от омикрона, хотя степень этой защиты будет относительно слабой.
• Третья доза мРНК-вакцины «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) авторства «Пфайзер» (Pfizer)/«Байонтек» (BioNTech) вполне способна выставить надежный щит против омикрона.
• Защитный иммунитет, выработавшийся у невакцинированных после естественно перенесенного ковида штаммов, отличных от омикрона, находится на уровне, сравнимом с таковым после двух доз вакцины «АстраЗенека» или «Пфайзер»/«Байонтек», то есть он не спасет от омикрона — ну разве что от развития тяжелой формы COVID-19, требующей госпитализации.

Так, по прошествии 28 дней после получения третьей дозы «Ваксзевриа»/«Ковишилд» титр нейтрализующих омикрон антител в сыворотках вакцинированных вырос в 2,7 раза по сравнению с их уровнем по истечении 28 дней после второй дозы. Однако всё равно титр после бустера был в 3,6 и 12,7 раза ниже по сравнению с бустерным титром нейтрализующих антител против штамма дельта и оригинального немутантного SARS-CoV-2.

После бустера «Комирнати» титр нейтрализующих омикрон антител в сыворотках привитых вырос в 34,2 раза по сравнению с их уровнем после второй дозы. При этом он был в 3,6 и 14,2 раза меньше относительно бустерного титра против дельты и немутантного коронавируса. Казалось бы, указанное снижение сравнимо с таковым для вакцины «АстраЗенека», но в абсолютных показателях уровень нейтрализующих антител против омикрона после третьей дозы «Комирнати» был в 11,4 раза выше в сравнении с уровнем после третьей дозы «Ваксзевриа»/«Ковишилд».

Если посмотреть на титры нейтрализующих омикрон антител в сыворотке невакцинированных и переболевших, они, в сравнении с титром против оригинального коронавируса, существенно упали — в 16,9, 33,8, 11,8, 3,1 и 1,7 раза после перенесенного COVID-19, вызванного немутантным SARS-CoV-2, его штаммами альфа (B.1.1.7), бета (B.1.351), гамма (P.1) и дельта (B.1.617.2) соответственно. При этом их уровень в абсолютных показателях был сравним с таковым после второй дозы вакцины «АстраЗенека» или «Пфайзер»/«Байонтек», то есть решительно недостаточным для противодействия омикрону.

• Omicron-B.1.1.529 leads to widespread escape from neutralizing antibody responses. bioRxiv, December, 22, 2021. [PDF]

 

23 декабря

Россия одобрила «МИР 19» (MIR 19) — новый лекарственный препарат для лечения инфекции COVID-19, вызванной коронавирусом SARS-CoV-2.

«МИР 19», который сдерживает репликацию коронавируса и предотвращает развитие тяжелой формы COVID-19, включая острый респираторный дистресс-синдром (ОРДС), построен на базе технологии РНК-интерференции (RNAi). Благодаря специфическому механизму действия «МИР 19» сохраняет противовирусную активность вне зависимости от штаммов коронавируса, будь то омикрон или дельта.

«МИР 19», показанный для лечения ковида в нетяжелой форме, назначается ингаляционно на протяжении 14 дней.

↓

«Пфайзер» (Pfizer) выпустила пероральный «Паксловид» (Paxlovid, нирматрелвир + ритонавир) — новый лекарственный препарат, предназначенный для лечения инфекции COVID-19 легкой и средней степени тяжести у взрослых и детей, находящихся в группе высокого риска прогрессирования заболевания до тяжелой формы, которая требует госпитализации или может закончиться смертельным исходом.

«Паксловид» стал первым пероральным противовирусным препаратом для домашнего применения с надежно доказанной терапевтической эффективностью.

Согласно результатам клинической проверки «Паксловида», этот противоковидный препарат снизил риск госпитализации или смерти на 89% и 88% при его назначении в течение соответственно 3 и 5 дней после проявления симптомов ковида. Среди пожилых пациентов снижение указанного риска оказалось даже лучше — на 94%.

Как утверждает «Пфайзер», «Паксловид» сохраняет свою высочайшую противовирусную эффективность против штамма омикрон.

↓

«Мерк и Ко» (Merck & Co.) предложила пероральный молнупиравир (molnupiravir) — новый лекарственный препарат, предназначенный для лечения инфекции COVID-19 легкой и средней степени тяжести у взрослых пациентов, находящихся в группе высокого риска прогрессирования заболевания до тяжелой формы, которая требует госпитализации или может закончиться смертельным исходом.

Согласно результатам клинической проверки молнупиравира, этот противоковидный препарат снизил риск госпитализации или смерти на 30%.

Как утверждает «Мерк и Ко», молнупиравир сохраняет свою противовирусную эффективность против штамма омикрон.

 

22 декабря

Израиль стал первой страной в мире, развернувшей кампанию массовой вакцинации четвертой дозой. Инициатива отвечает научным данным, свидетельствующим, что даже трех доз вакцин недостаточно для надежной защиты от штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2.

Четвертая доза мРНК-вакцины «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) авторства «Пфайзер» (Pfizer)/«Байонтек» (BioNTech) вначале будет выдаваться пожилым людям (60 лет и старше), лицам с ослабленной иммунной системой, медицинским работникам. Для ее получения необходимо, чтобы прошло хотя бы четыре месяца после прививки третьей дозой.

Попутно сокращен срок между второй и третьей дозами: с пяти до трех месяцев.

Ранее Израиль стал первой страной в мире, приступившей к иммунизации населения третьей (бустерной) дозой вакцины.

Из 9,3 млн жителей Израиля почти 70% привились двумя дозами, а 45% получили три дозы.

↓

Датский Государственный институт сыворотки (SSI) оценил защитную эффективность вакцин в борьбе со штаммом омикрон (B.1.1.529) коронавируса SASR-CoV-2. Были проверены мРНК-вакцины «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) и «Спайквакс» (Spikevax, эласомеран; mRNA-1273) авторства «Пфайзер» (Pfizer)/«Байонтек» (BioNTech) и «Модерна» (Moderna).

Установлено, что эффективность мРНК-вакцин в борьбе с омикроном катастрофически снижена, равно как несоизмеримо уступая защите от дельта-штамма (B.1.617.2), так и очень быстро ослабевая со временем. И даже третья (бустерная) доза защищает от омикрона существенно хуже, чем от дельты.

Так, вакцинация двумя дозами «Комирнати» обеспечила защиту от дельты на уровне 87%, 81%, 73% и 54% — в период до месяца после прививки, одного-двух месяцев, двух-трех и трех-пяти соответственно. В случае омикрона вакцинная эффективность составила 55%, 16%, 9% и −77%.

Вакцинация двумя дозами «Спайквакс» защитила от дельты на уровне 88%, 82%, 72% и 65% — в вышеуказанные периоды. Штамм омикрон снизил ее эффективность до 37%, 30%, 4% и −39%.

Третья (бустерная) доза «Комирнати» привела уровень защиты от дельты и омикрона к соответствующим 81% и 55% — в период до месяца после ее назначения.

• Vaccine effectiveness against SARS-CoV-2 infection with the Omicron or Delta variants following a two-dose or booster BNT162b2 or mRNA-1273 vaccination series: A Danish cohort study. medRxiv, December 21, 2021. [PDF]

• 

• 

 

21 декабря

Согласно исследованию специалистов Медицинской школы им. Карла Айкана при клинике Маунт-Синай (ISMMS), нейтрализующей активности антител выздоровевших после перенесенной коронавирусной инфекции COVID-19 или получивших две дозы противоковидных мРНК-вакцин — «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) или «Спайквакс» (Spikevax, эласомеран; mRNA-1273) разработки «Пфайзер» (Pfizer)/«Байонтек» (BioNTech) и «Модерна» (Moderna) — решительно недостаточно для успешной защиты от штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SASR-CoV-2.

Однако защита сохранится (хотя и на прилично ослабленном уровне) у тех, кто ранее сталкивался с коронавирусом трижды или четырежды: либо был привит тремя дозами, либо переболел и затем был вакцинирован двумя дозами, либо переболел и прошел вакцинацию тремя дозами.

Снижение нейтрализующей активности сывороточных антител против омикрона оказалось следующим, если сравнивать с активностью против оригинального немутантного SARS-CoV-2 согласно показателю 50-процентной ингибирующей дозы (ID₅₀; титр антител, необходимый для подавления репликации 50% вирусной культуры):

• ковид: 11,1 раза — в большинстве случаев (73%) нейтрализующая активность против омикрона была ниже предела обнаружения (LOD);
• две дозы «Комирнати»: 23,3 раза (p=0,0043) — 30% LOD;
• две дозы «Спайквакс»: 42,6 раза (p=0,0005);
• три дозы «Комирнати»: 7,5 раза (p=0,0007);
• три дозы «Спайквакс»: 16,7 раза (p=0,0437);
• ковид и две дозы «Комирнати»: 13,7 раза (p=0,0165);
• ковид и две дозы «Спайквакс»: 10,6 раза (p=0,0075);
• ковид и три дозы «Комирнати»: 13,1 раза (p=0,0462).

Исследователи также изучили связывающую активность сывороточных антител — один из коррелят защиты от SARS-CoV-2, обеспечивающий таковую посредством Fc-опосредованных эффекторных функций. Если активность связывания с рецептор-связывающим доменом (RBD) коронавируса сохранена (даже при сильном снижении титра антител), она указывает на наличие когнатных B-клеток. Последние могут быстро активироваться во время заражения каким-либо штаммом коронавируса или специфической к нему вакциной, вызывая сильный плазмобластный ответ, обеспечивающий контроль над распространением вируса. Кроме того, B-клетки, характеризующиеся низкой аффинностью связывания с белками штамма с антигенным дрифтом, попадают в лимфатические узлы и участвуют в реакциях зародышевого центра, приводящих к образованию антител, способных восстановить нейтрализующую активность благодаря аффинному созреванию.

В целом связывающая активность антител против омикрона снизилась в существенно меньшей степени, чем нейтрализующая активность. Наиболее сильно она снизилась (в 7,5 раза) у ранее переболевших ковидом, но не вакцинировавшихся, причем у двух третей до необнаружимого порога. Во всех остальных группах связывание было относительно стабильным, а его снижение варьировалось от 2,9-кратного при двух дозах «Спайквакс» до 1,5-кратного при трех дозах «Комирнати».

Наконец, была проверена активность связывания сывороточных антител с N-концевым доменом (NTD) коронавируса, который, помимо RBD, является основной мишенью B-клеток после прививки мРНК-вакцинами. NTD у омикрона несет большое количество аминокислотных замен, три делеции и одну вставку длиной в три аминокислоты, что в совокупности существенно модифицирует иммунодоминантный «суперсайт» связывания, а также нейтрализующие эпитопы за его пределами.

Как выяснилось, связывание антител с NTD сохранилось с относительно небольшим снижением (максимум в 1,9 раза), что свидетельствует либо о сохранении связывания (например, при более низкой аффинности) с «суперсайтом», либо о наличии большого числа неизмененных эпитопов в этом домене.

• Activity of convalescent and vaccine serum against a B.1.1.529 variant SARS-CoV-2 isolate. medRxiv, December 21, 2021. [PDF]

 

20 декабря

«Модерна» (Moderna) раскрыла предварительные данные, касающиеся эффективности третьей (бустерной) дозы противоковидной мРНК-вакцины «Спайквакс» (Spikevax, эласомеран; mRNA-1273) в задаче противостояния штамму омикрон коронавируса SARS-CoV-2.

Назначение бустера в дозе 50 мкг (эта доза официально разрешена регуляторами) привело (по прошествии 29 дней) к росту уровня нейтрализующих антител против омикрона в 37 раз по сравнению с уровнем до его применения. Бустер в дозе 100 мкг (увеличенная вдвое доза является экспериментальной) обеспечил рост в 83 раза.

Тем не менее даже после бустеров уровень нейтрализующих антител против омикрона был в 2,9 и 3,0 раза ниже, если сравнивать с таковым после бустеров в окружении оригинального коронавируса с мутацией D614G.

• Мутация D614G прежде была одной из самых распространенных в мире: на середину 2020 года (в период первой волны COVID-19) она являлась доминирующей в пандемии коронавируса. Одной из клинических черт D614G является потеря обоняния.

Удвоенная третья доза вакцины «Спайквакс» характеризовалась приемлемой переносимостью, хотя побочные реакции отмечались чаще, чем при стандартной 50-мкг дозе.

«Модерна» собирается завершить клиническую проверку 100-мкг бустера с последующей отправкой собранных данных регуляторам.

Параллельно «Модерна» занимается разработкой mRNA-1273.529 — варианта мРНК-вакцины «Спайквакс», учитывающего мутационную специфику омикрона: соответствующие клинические испытания будут запущены в начале 2022 года.

Попутно изучается возможность включения мутаций омикрона в экспериментальную программу многовалентных бустеров, которые принимают во внимание мутационные особенности сразу нескольких штаммов коронавируса, включая дельта и бета.

• Omicron booster strategy update. Moderna, December 20, 2021. [PDF]

 

19 декабря

Швейцарская «Молекьюлар партнерс» (Molecular Partners) сообщила, что экспериментальный энсовибеп (ensovibep, MP0420), разрабатываемый совместно с «Новартис» (Novartis) для лечения и профилактики коронавирусной инфекции COVID-19, остается полностью работоспособным в присутствии штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2.

Согласно исследованиям in vitro в псевдовирусной системе, имитирующей штамм омикрон, энсовибеп сохранил высокую нейтрализующую активность, сравнимую с таковой против оригинального немутантного SARS-CoV-2. Так, если концентрация полумаксимального ингибирования (IC₅₀) энсовибепа против последнего составляет 1,6 нг/мл, то в случае омикрона она вырастает всего лишь в 1,3–1,4 раза — до 2,1–2,2 нг/мл.

Нейтрализующая активность энсовибепа против всех других штаммов коронавируса, включая «вызывающие опасение» альфа (B.1.1.7), бета (B.1.351), гамма (P.1) и дельта (B.1.617.2), весьма высока: IC₅₀ укладывается в узкий диапазон 1–8 нг/мл.

• Ensovibep, a novel trispecific DARPin candidate that protects against SARS-CoV-2 variants. bioRxiv, December 17, 2021. [PDF]

 

18 декабря

Противоковидная вирус-векторная вакцина «Спутник V» (Sputnik V), также известная как «Гам-КОВИД-Вак» (Gam-COVID-Vac), вызывает устойчивый нейтрализующий ответ антител против штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2.

Об этом уведомил Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи, специалисты которого осуществили предварительный анализ нейтрализующей активности «Спутник V», установив, что она снижается в 11,8 раза в присутствии штамма омикрон.

Как утверждается, указанное снижение активности «Спутник V» существенно меньше, чем продемонстрированное в случае противоковидных мРНК-вакцин «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) и «Спайквакс» (Spikevax, эласомеран; mRNA-1273) разработки «Пфайзер» (Pfizer)/«Байонтек» (BioNTech) и «Модерна» (Moderna), которые засвидетельствовали падение данного показателя в 41 и 49–84 раза соответственно.

• Впрочем, уточненные результаты для «Комирнати» зафиксировали снижение нейтрализующей активности в 21 раз.

Более того, нейтрализующая активность «Спутник V» была проверена на сыворотках, взятых по прошествии более чем 6 месяцев после прививки, тогда как активность «Комирнати» и «Спайквакс» была протестирована на сыворотках, полученных по истечении коротких периодов времени после вакцинации — соответственно 12–27 и 28 дней.

Другими словами, заявлено, что «Спутник V» предоставляет долгосрочную и надежную защиту от омикрона.

Наконец, назначение третьей (бустерной) дозы вакцины в лице «Спутник Лайт» (Sputnik Light) предположительно выведет защиту от омикрона на уровень более чем 80%. Сообщается, что по прошествии 2–3 месяцев после введения «Спутник Лайт» у 100% привитых обнаруживались антитела против омикрона, тогда как третья доза «Комирнати» обеспечила их наличие только у 25% по истечении 3 месяцев после вакцинации.

• 

• 

• 

 

17 декабря

Исследование, выполненное Лондонским имперским колледжем пришло к выводу, которое кардинальным образом отличается от повсеместно тиражируемого. Как утверждается, течение коронавирусной инфекции COVID-19, вызванной штаммом омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, может быть таким же тяжелым, как в случае штамма дельта.

Заявлено, что не обнаружено никаких доказательств, что ковид из-за омикрона протекает легче, если судить по пропорции симптоматических больных и по пропорции обратившихся за госпитализацией. Несмотря на всё еще ограниченный набор данных, степень тяжести протекания ковида при омикроне лишь незначительно отличается от дельты.

• Тем временем средства массовой информации во всём мире тиражируют мысль, будто омикрон не представляет никакой угрозы: мол, ковид легко протекает, а люди выздоравливают очень быстро.

Заявление британских экспертов вполне может быть верным, ведь, как известно, даже вакцинированные и переболевшие ковидом заражаются омикроном гораздо чаще, чем в период вспышек, вызванных другими штаммами коронавируса. Если у таких заболевших степень защитного иммунитета против тяжелого ковида всё еще сохраняется на высоком уровне, то будет складываться картина, что инфицирование омикроном приводит к более легкому течению болезни. И, напротив, в случае невакцинированных и еще не переболевших ковидом, заражение омикроном вполне может быть таким же опасным, как другими штаммами коронавируса.

Из прочих выводов лондонских специалистов:

• число случаев заражения омикроном удваивается каждые 2,5 дня;
• риск повторного заражения омикроном в сравнении с дельтой увеличен в 5,41 раза (95% ДИ: 4,87–6,00), что свидетельствует об относительно низком уровне иммунитета, сохранившегося после ранее перенесенного ковида;
• сформировавшийся у переболевших ковидом иммунитет защищает на 19% от повторного заражения в условиях омикрона в период 6 месяцев, тогда как до омикрона постковидный иммунитет защищал на 85%;
• частота реинфекции омикроном максимальна среди 18–29-летних;
• эффективность вакцин против омикрона резко снижена: защитная эффективность после двух доз прививок составляет 0–20%, после трех доз — 55–80%.

• Report 49: Growth, population distribution and immune escape of Omicron in England. Imperial College London, December 16, 2021. [PDF]
• Report 48: The value of vaccine booster doses to mitigate the global impact of the Omicron SARS-CoV-2 variant. Imperial College London, December 16, 2021. [PDF]

 ↓

Новые коронавирусы будут продолжать инфицировать летучих мышей и другие животные-резервуары и потенциально представлять пандемическую угрозу для человечества. Чтобы противостоять будущим вспышкам коронавирусных инфекций, мировое научное и медицинское исследовательское сообщество должно направить усилия на достижение трех целей. Во-первых, охарактеризовать диапазон генетического разнообразия коронавирусов у различных видов животных. Во-вторых, разобраться с патогенезом коронавирусных инфекций. В-третьих, применить накопленные знания для разработки универсальных вакцин.

Универсальная вакцина, работающая против всех коронавирусов, должна быть идеальной.

↓

Согласно исследованию американских и гонконгских специалистов, штамм омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 серьезно подавляет активность нейтрализующих антител, которые либо вырабатываются организмом в ответ на вакцинацию, либо попадают в организм при назначении терапевтических или профилактических препаратов моноклональных антител, либо образуются самостоятельно после перенесенной коронавирусной инфекции COVID-19. Омикрон представляет серьезную угрозу, поднимающую вопрос о разработке новых вакцин и лекарственных средств, способных с ним справиться.

Во-первых, нейтрализующая активность сывороток, взятых у непривитых и переболевших COVID-19, проверенная в псевдовирусной тестовой системе, оказалась снижена в 32 раза при наличии штамма омикрон, если сравнивать с титром антител при оригинальном немутантном SARS-CoV-2. При этом только у 2 из 10 ее образцов титр антител превысил предел обнаружения.

Во-вторых, нейтрализующая активность вакцин резко упала в присутствии омикрона, даже если образцы сывороток были получены у одновременно привитых и переболевших. Дополнительная (бустерная) доза вакцины определила подъем титров, но всё равно они были прилично снижены.

• Речь идет о таких вакцинных препаратах, как мРНК-вакцины «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) и «Спайквакс» (Spikevax, эласомеран; mRNA-1273) разработки «Пфайзер» (Pfizer)/«Байонтек» (BioNTech) и «Модерна» (Moderna) и вирус-векторные вакцины «Ваксзевриа»/«Ковишилд» (Vaxzevria/Covishield; AZD1222, ChAdOx1 nCoV-19, ChAdOx1-S) и Ad26.COV2.S авторства «АстраЗенека» (AstraZeneca) и «Янссен» (Janssen) в составе «Джонсон энд Джонсон» (Johnson & Johnson).

В-третьих, моноклональные антитела отметились, по аналогии с вакцинами, решительной недостаточной нейтрализующей активностью против омикрона. И лишь немногие подтвердили свою способность бороться с омикроном — во всяком случае их активность снизилась не настолько сильно, чтобы смело говорить об исчезновении эффективности. К слову, исследователи приводят данные по изменению нейтрализующей активности сообразно наличию каждой из трех десятков мутаций в S-белке омикрона.

• Среди работающих против омикрона моноклональных антител: «Ксевуди» (Xevudy, сотровимаб; sotrovimab, VIR-7831, GSK4182136), ромлусевимаб (romlusevimab, BRII-198) и «Эвушелд» (Evusheld, AZD7442) как комбинация из тиксагевимаба (tixagevimab, AZD8895) и цилгавимаба (cilgavimab, AZD1061) — соответственно разработки «ГлаксоСмитКляйн» (GlaxoSmithKline)/«Вир байотекнолоджи» (Vir Biotechnology), китайской «Брии байосайенсиз» (Brii Biosciences), «АстраЗенека» (AstraZeneca).

• Striking antibody evasion manifested by the Omicron variant of SARS-CoV-2. bioRxiv, December 15, 2021. [PDF]

• 

• 

• 

 

16 декабря

Согласно исследованию Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), лекарственный препарат «Эвушелд» (Evusheld, AZD7442), разработанный «АстраЗенека» (AstraZeneca) и представляющий собой комбинацию моноклональных антител тиксагевимаб (tixagevimab, AZD8895) и цилгавимаб (cilgavimab, AZD1061), сохраняет нейтрализующую активность против штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2.

Концентрация полумаксимального ингибирования (IC₅₀), как показатель нейтрализующей способности антитела, для «Эвушелд» в условиях омикрона резко снизилась, но всё равно уложилась в диапазон 171–277 нг/мл, что находится в промежутке нейтрализующих титров у людей, ранее инфицированных коронавирусом. Для сравнения: IC₅₀ препарата «Эвушелд» при оригинальном немутантном SARS-CoV-2 составляет 1,3–1,5 нг/мл.

«Эвушелд» разрешен для применения в задаче доконтактной профилактики COVID-19 лицам, у которых по состоянию здоровья или иммунного статуса не может сформироваться адекватный иммунный ответ после вакцинации против SARS-CoV-2. «Эвушелд» защищает от развития ковида на срок от полугода.

↓

«Ридженерон фармасьютикалс» (Regeneron Pharmaceuticals) сообщила, что ее препарат «Риджен-Ков/«Ронаприв» (REGEN-COV/Ronapreve, касиривимаб + имдевимаб) активен против всех известных вызывающих опасение штаммов коронавируса (SARS-CoV-2), включая омикрон (B.1.1.529) и дельту (B.1.617.2). Впрочем, касиривимаб (casirivimab) и имдевимаб (imdevimab) менее активны в отношении омикрона, чем дельты.

Как утверждается, в руках «Ридженерон» есть несколько экспериментальных моноклональных антител против SARS-CoV-2, которые нейтрализуют омикрон и дельту. Их клинические испытания намечены на 2022 год.

Моноклональный коктейль «Риджен-Ков/«Ронаприв» сейчас применяется для лечения легко-умеренного ковида у высокорисковых пациентов, которым грозит опасность госпитализации или смерти, а также для постконтактной профилактики ковида среди лиц в группе риска развития тяжелого заболевания.

↓

Специалисты Медицинского факультета имени Ли Кашина Гонконгского университета (HKUMed) выяснили особенности того, как штамм омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 инфицирует дыхательные пути человека.

Так, омикрон заражает бронхи и реплицируется в них в 70 раз быстрее, чем это делает дельта-штамм и оригинальный немутантный коронавирус. Данный факт, скорее всего, объясняет, почему омикрон быстрее передается от инфицированных к здоровым.

В непосредственно легких омикрон реплицируется в 10 раз медленнее по сравнению с оригинальным SASR-CoV-2, и потому, возможно, коронавирусная инфекция COVID-19 протекает легче.

Следует, однако, понимать, что омикрон, будучи очень заразным, инфицирует гораздо больше людей, и потому со статистической точки зрения может вызывать более тяжелые заболевания и смерть, даже если является менее патогенным. С учетом того, что омикрон, располагающий обилием мутаций, умеет уходить от вакцин и приобретенного после перенесенного ковида иммунитета, степень угрозы омикрона для человечества весьма значительна.

↓

Согласно исследованию американских специалистов, мРНК-вакцина «Спайквакс» (Spikevax, эласомеран; mRNA-1273) разработки «Модерна» (Moderna) продемонстрировала сниженную в 49–84 раз нейтрализующую активность против штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, если исходить из анализа образцов сывороток, взятых по прошествии 4 недель после получения ее двух доз.

Добавление третьей (бустерной) дозы «Спайквакс» повысило титры нейтрализующих антител, тем самым снизив риск развития симптоматической прорывной коронавирусной инфекции COVID-19. Впрочем, активность вакцины всё равно была снижена в 4,2–6,5 раза.

• Booster of mRNA-1273 vaccine reduces SARS-CoV-2 omicron escape from neutralizing antibodies. medRxiv, December 15, 2021. [PDF]

 

15 декабря

Немецкие ученые проанализировали нейтрализующую активность ряда моноклональных антител, — как выпущенных на рынок, так и еще экспериментальных, — оценив их способность справляться со штаммом омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2.

Речь идет о следующих моноклональных антителах:

• бамланивимаб (bamlanivimab, LY-CoV555) и этесевимаб (etesevimab, LY-CoV016), за разработкой которых стоят «Илай Лилли» (Eli Lilly), канадская «Абселлера байолоджикс» (AbCellera Biologics) и китайская «Шанхай Цзюньши байосайенсиз» (Shanghai Junshi Biosciences);
• касиривимаб (casirivimab, REGN-10933) и имдевимаб (imdevimab, REGN-10987) — «Ридженерон фармасьютикалс» (Regeneron Pharmaceuticals), продвигающая этот коктейль под брендом «Риджен-Ков» (REGEN-COV)/«Ронаприв» (Ronapreve);
• сотровимаб (sotrovimab, VIR-7831, GSK4182136) — «ГлаксоСмитКляйн» (GlaxoSmithKline) и «Вир байотекнолоджи» (Vir Biotechnology) — «Ксевуди» (Xevudy);
• P2B-2F6, Fab2-36 и C102 — изучаются в академической среде [1] [2] [3] [4];
• BI 767551 (DZIF-10c) — «Бёрингер Ингельхайм» (Boehringer Ingelheim) [летом 2021 года разработка была остановлена ввиду сильной рыночной конкуренции].

В ходе исследования штамма омикрон в псевдотипированной вирусной системе установлено, что in vitro указанные моноклональные антитела весьма плохо справляются с его подавлением. Так, если отталкиваться от концентрации полумаксимального ингибирования (IC₅₀), превышающей 10 мкг/мл, можно смело заявлять о провале борьбы с омикроном. И здесь только сотровимаб и BI 767551 одержали победу, убедительно расправившись с омикроном, а также штаммами альфа, бета и дельта.

Как показано, бамланивимаб, этесевимаб, касиривимаб и имдевимаб, активно продвигаемые для лечения легко-умеренного ковида среди высокорисковых пациентов, разобраться с омикроном не смогли.

• mRNA booster immunization elicits potent neutralizing serum activity against the SARS-CoV-2 Omicron variant. medRxiv, December 14, 2021. [PDF]

↓

«Ададжио терапьютикс» (Adagio Therapeutics) сообщила, что моноклональное антитело ADG20 не работает против штамма омикрон (B.1.1.529). В ходе проверки этого экспериментального препарата in vitro на непосредственно самом коронавирусе и в псевдовирусной системе нейтрализующая активность ADG20 против омикрона упала в более чем 300 раз. Как полагают в «Ададжио» неудача связана с обилием мутаций в S-белке омикрона, комбинация которых помогает штамму ускользать от ADG20. ADG10, еще одно экспериментальное моноклональное антитело, также не справилось с подавлением омикрона. Разочаровывающие известия обрушили курс акций «Ададжио» на 75%.

ADG20 считался весьма перспективным лекарственным средством для терапии и профилактики любых штаммов коронавируса, существующих и грядущих, поскольку, в отличие от других моноклональных антител против SARS-CoV-2, нацелен на эпитоп вируса, который высококонсервативен, иммунореактивен и не является легкой мишенью для эндогенного нейтрализующего ответа антител.

 

14 декабря

Discovery Health, крупнейший в Южно-Африканской Республике (ЮАР) частный провайдер медицинского страхования, поделился результатами широкомасштабного анализа вспышки омикрон-штамма (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 на основе данных свыше 211 тыс. тестов. Выводы, построенные на реальных, а не теоретических или лабораторных данных, следующие.

Сейчас омикрон является доминирующем в ЮАР штаммом: на его долю новых случаев заражения коронавирусом приходится 90%, причем рост числа инфицированных растет экспоненциально.

Вспышка омикрон характеризуется большим, чем при других штаммах коронавируса, числом реинфекций и прорывных инфекций, в том числе среди вакцинированных.

Клинические особенности омикрона у взрослых включают: укороченный до трех-четырех дней инкубационный период; в основном легкое течение болезни с выздоровлением в течение трех дней; першение или боль в горле — самый распространенный ранний симптом (как, впрочем, и при других штаммах); среди прочих симптомов омикрона — заложенность носа, сухой кашель и миалгия (особенно боль в пояснице).

При госпитализации взрослых с омикроном отмечаются: сниженная частота острого респираторного дистресс-синдрома (ОРДС); сниженная частота попадания в отделение интенсивной терапии; сниженная пропорция больных, требующих кислородной поддержки, причем если в таковой всё же есть необходимость, она предоставляется в большинстве случаев невакцинированным.

Клинические особенности омикрона у детей и подростков, который, кстати, диагностируется чаще, чем при коронавирусных волнах других штаммов, включают: в основном легкое течение болезни с выздоровлением в течение трех дней; среди симптомов омикрона — боль в горле, заложенность носа, головная боль, лихорадочное состояние в течение двух-трех дней.

Дети и подростки госпитализируются с такими осложнениями омикрона, как бронхиолит и пневмония; зачастую наблюдаются диарея, рвота, обезвоживание.

Две дозы мРНК-вакцины «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) авторства «Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech) обеспечили защиту (в сравнении с невакцинированными людьми) на уровне 70% против развития вызванной омикроном коронавирусной инфекции COVID-19 в тяжелой или критической форме, требующей госпитализации, и на уровне 33% против развития симптоматического ковида.

• Против дельта-штамма вакцина «Комирнати» защищала лучше: на уровне 93% и 80% соответственно.

Отмечена корреляция между возрастом и уровнем вакцинной защиты «Комирнати» от омикрона, заражение которым приводило к госпитализации. Так, эффективность «Комирнати» в целом падала в зависимости от возраста: 82% для возраста 40–49 лет, 74% — 50–59 лет, 67% — 60–69 лет и 59% — 70–79 лет.

При наличии сопутствующих заболеваний, способствующих повышенному риску госпитализации из-за ковида, вакцина «Комирнати» в условиях омикрона обеспечила следующий уровень защиты: 68% при сахарном диабете, 69% при гипертонии, 63% при гиперхолестеринемии, 64% при ишемической болезни сердца.

Для людей, уже переболевших ковидом, риск повторного заражения омикроном существенно выше, если сравнивать с другими штаммами коронавируса. Так, среди ранее перенесших инфицирование дельта-штаммом риск реинфекции омикроном вырос на 40%, бета-штаммом — на 60%, оригинальным коронавирусом с мутацией D614G — на 73%.

• Мутация D614G прежде была одной из самых распространенных в мире: на середину 2020 года (в период первой волны ковида) она являлась доминирующей в пандемии коронавируса. Одной из клинических черт D614G является потеря обоняния.

Риск госпитализации взрослых пациентов, зараженных омикроном, на 29% ниже, если сравнивать с инфицированием оригинальным коронавирусом с мутацией D614G.

Несмотря на очень низкий абсолютный уровень заболеваемости ковидом среди детей и подростков, предварительные данные свидетельствуют о том, что риск госпитализации у лиц младше 18 лет, зараженных омикроном, на 20% выше, если сравнивать с инфицированием D614G-мутантным коронавирусом. При этом максимальный риск госпитализации из-за омикрона зафиксирован для детей в возрасте до 5 лет.

Следует понимать, что выводы сделаны на основе данных первых трех недель вспышки омикрона, и потому являются предварительными, могущими в дальнейшем измениться. На выводы могли повлиять искажения, связанные с высокой распространенностью антител против SARS-CoV-2 среди населения ЮАР в целом.

• 

• 

• 

• 

• 

• 

• 

• 

• 

• 

↓

Исследование, осуществленное специалистами Медицинского факультета имени Ли Кашина Гонконгского университета (HKUMed), установило, что штамм омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 ускользает от нейтрализующих антител, производимых организмом после вакцинации, и потому эффективность существующих вакцин резко падает.

Среднегеометрический титр нейтрализующих антител в образцах сыворотки, взятых у вакцинированных двумя дозами мРНК-вакцины «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) авторства «Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech), оказался в 39,9 и 35,7 раза ниже в клеточной культуре Vero E6 омикрон-изолятов HKU691 и HKU344-R346K, если сравнивать с титром в культуре оригинального немутантного коронавируса. При этом сероположительная частота (частота, с которой встречаются антитела) против указанных изолятов омикрона составила всего лишь 20% и 24%. Среднегеометрический титр против штаммов бета и дельта снизился в 8,9 и 1,8 раза, но сероположительная частота осталась 100-процентной.

• Изоляты HKU691 и HKU344-R346K штамма омикрон (B.1.1.529) различаются по двум нуклеотидам: в HKU344-R346K присутствует несинонимичная мутация G22599A, приводящая к мутации R346K в S-белке; она обнаруживалась в 8,5% секвенированных омикрон-геномов в базе данных GISAID на дату 10 декабря 2021 года. Мутация R346K вызывает особую озабоченность, поскольку затрагивает рецептор-связывающий домен (RBD), что в свое время отразилось сниженной вакцинной эффективностью против штамма мю, который также несет эту мутацию.

Среднегеометрический титр нейтрализующих антител в образцах сыворотки, взятых у привитых двумя дозами инактивированной цельновирионной вакцины «Коронавак» (CoronaVac) разработки китайской «Синовак байотек» (Sinovac Biotech), которая считается самой популярной в мире, оказался в 4,3 раза ниже в клеточной культуре омикрон-изолятов HKU691 и 157 HKU344-R346K и в 4,4 и 2,1 раза ниже в культуре штаммов бета и дельта, если сравнивать с титром в культуре оригинального немутантного коронавируса. Сероположительная частота в отношении штаммов омикрон и бета была нулевой, штамма дельта — 68%.

Подводя итоги, эффективность вакцины «Комирнати» против омикрона резко снизилась, но сохранилась против дельта и бета. Вакцина «Коронавак» против омикрона и беты вообще не сработала и характеризовалась пониженной эффективностью против дельта.

• Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron variant by sera from BNT162b2 or Coronavac vaccine recipients. medRxiv, December 14, 2021. [PDF]

• 

• 

↓

Национальное агентство по безопасности здравоохранения Великобритании (HSA) провело более тщательный анализ антиковидных вакцин с точки зрения их защитной эффективности против развития симптоматической инфекции COVID-19, вызываемой штаммами омикрон (B.1.1.529) и дельта коронавируса SARS-CoV-2.

Изучены два вакцинных препарата: мРНК-вакцина «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) разработки «Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech) и вирус-векторная вакцина «Ваксзевриа»/«Ковишилд» (Vaxzevria/Covishield; AZD1222) авторства «АстраЗенека» (AstraZeneca). Одна группа людей прошла полный курс вакцинации из двух доз «Комирнати», вторая — из двух доз «Ваксзевриа»/«Ковишилд». Затем все получили третью (бустерную) дозу «Комирнати».

Как установлено, две дозы «Комирнати» существенно эффективнее защищают от омикрона и дельты, если сравнивать с двумя дозами «Ваксзевриа»/«Ковишилд». Однако этого всё равно недостаточно: со временем уровень защиты серьезно снижается. Введение третьей дозы «Комирнати» резко поднимает уровень защиты. Впрочем, насколько продолжительной она окажется, пока неизвестно.

Так, по прошествии 25 недель и более после получения двух доз «Комирнати» уровень вакцинной защиты от омикрона составлял 34,2% (95% ДИ: −5,0 — 58,7), а от дельты — 63,5% (95% ДИ: 61,4–65,5). После двух доз «Ваксзевриа»/«Ковишилд» — соответственно 5,9% (95% ДИ: −29,7 — 31,7) и 41,8% (95% ДИ: 39,4–44,1).

После получения бустерной дозы «Комирнати» уровень защиты от омикрона и дельты по прошествии 2 недель и более в группе изначально привитых «Комирнати» вырос до 75,5% (95% ДИ: 56,1–86,3) и 92,6% (95% ДИ: 92,0–93,1) соответственно, тогда как в группе изначально привитых «Ваксзевриа»/«Ковишилд» увеличился до 71,4% (95% ДИ: 41,8–86,0) и 93,8% (95% ДИ: 93,2–94,3).

• 

• 

Как видим, даже третья доза вакцины не защищает от омикрона на том же уровне, что и от дельты. Во всяком случае это справедливо для защиты от легко-умеренной коронавирусной инфекции COVID-19, не требующей госпитализации. Если говорить о защите против тяжелого или критического ковида, приводящего к попаданию в больницу или смертельному исходу, можно ожидать, что третья доза поднимет ее уровень еще выше. Это следует из наблюдений, отмеченных при предыдущих штаммах коронавируса. [1] [2]

• Effectiveness of COVID-19 vaccines against the Omicron (B.1.1.529) variant of concern. Preprint. [PDF]

 

13 декабря

Борис Джонсон (Boris Johnson), премьер-министр Великобритании, сообщил о смерти пациента от штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2. Это первый официально зарегистрированный в мире летальный исход в связи с омикроном.

Омикрон столь заразен, что число случаев заболевания этим штаммом удваивается каждые два-три дня. Штамм распространяется феноменально быстро, совсем скоро омикрон вытеснит дельту. Среди госпитализированных с омикроном большинство получили две дозы вакцины.

Борис Джонсон настаивает на поголовной вакцинации при помощи третьей (бустерной) дозы: будет предложено сделать ее к концу декабря, причем интервал между второй и третьей дозами должен быть сокращен с шести месяцев до трех.

↓

Медицинский факультет имени Ли Кашина Гонконгского университета (HKUMed) опубликовал новые электронные микрофотографии штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, заразившего клетки эпителия почки африканской зеленой мартышки (линия Vero E6).

На снимке слева (малое увеличение) изображены клетки по прошествии 24 часов после заражения омикроном, рамкой выделены кластеры вирусных частиц в цитоплазме. На снимке в середине (большое увеличение) представлено укрупненное изображение агрегатов вирусных частиц в везикулах и на поверхности клетки. На снимке справа (большое увеличение) рамкой выделены крупные агрегаты вирусных частиц с шипами в мембраносвязанных везикулах.

• Изображение в высоком разрешении доступно здесь.

↓

Исследователи из Оксфордского университета проанализировали уровень антительной нейтрализации штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 сыворотками людей, привитых двумя дозами вакцин — мРНК-вакциной «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) авторства «Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech) и вирус-векторной вакциной «Ваксзевриа»/«Ковишилд» (Vaxzevria/Covishield; AZD1222) разработки «АстраЗенека» (AstraZeneca).

В случае «Комирнати» титр нейтрализующих антител снизился в 29,8 раза, если сравнивать с уровнем при оригинальном немутантном коронавирусе; при этом у одного человека (n=1/21) он упал до невыявляемого уровня. В случае «Ваксзевриа»/«Ковишилд» титр упал ниже детектируемого порога у всех привитых (n=22) кроме одного человека.

Результаты свидетельствуют, что омикрон гораздо более антигенно далек от оригинального SARS-CoV-2, чем его штаммы бета и дельта. В итоге омикрон, который распространяется по планете с невероятной скоростью, приведет к росту числа прорывных ковидных инфекций у переболевших или дважды вакцинированных, что неизбежно отразится повышенной нагрузкой на системы здравоохранения. Не исключено, третья (бустерная) доза вакцин может некоторым образом исправить складывающуюся мрачную картину.

Если омикрон вытеснит дельту, став доминирующим в мире штаммом коронавируса, возникнет, скорее всего, необходимость в производстве вакцин, учитывающих мутационную специфику омикрона. Однако такие вакцины вряд ли обеспечат защиту от предыдущих штаммов ввиду антигенной удаленности омикрона. Потому уместно рассмотреть вопрос перехода от текущей стратегии моновалентных вакцин к мультивалентным — по аналогии с теми, которые выпускаются против сезонного гриппа.

• Reduced neutralisation of SARS-COV-2 Omicron-B.1.1.529 variant by post-immunisation serum. medRxiv, December 11, 2021. [PDF]

 

12 декабря

Китайская «Брии байосайенсиз» (Brii Biosciences) сообщила, что терапевтическая комбинация из моноклональных антител амубарвимаб (amubarvimab, BRII-196) и ромлусевимаб (romlusevimab, BRII-198) сохраняет активность против штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2. В тестах нейтрализации in vitro было показано, что активность амубарвимаба против омикрона существенно снизилась, тогда как ромлусевимаб проявил должную активность против этого штамма. В совокупности коктейль эффективен для борьбы с омикроном.

Коктейль из амубарвимаба и ромлусевимаба одобрен китайским регулятором 9 декабря 2021 года для лечения легко-умеренного ковида у пациентов в группе высокого риска прогрессирования заболевания до тяжелой формы, включающей госпитализацию или смерть. Комбинированное лекарство, которое стало первым из данного класса препаратов в Китае, снизило риски указанных исходов на 80%.

Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) рассматривает заявку на одобрение сочетания из амубарвимаба и ромлусевимаба.

↓

Исследование, выполненное Медицинским факультетом имени Ли Кашина Гонконгского университета (HKUMed) и Китайским университетом Гонконга (CU Medicine), установило, что штамм омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 значительно снижает способность противоковидной мРНК-вакцины «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) авторства «Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech) нейтрализовать вирус — в 32 раза и более, если сравнивать с оригинальным уханьским коронавирусом.

На изображении наглядно показано, что омикрон «ускользает» от нейтрализующего эффекта сыворотки привитых.

Вскоре будут получены результаты проверки противоковидной инактивированной цельновирионной вакцины «Коронавак» (CoronaVac) разработки китайской «Синовак байотек» (Sinovac Biotech).

Следует понимать, что речь идет о косвенных тестах, когда in vitro изучается нейтрализующая активность сывороток крови вакцинированных. Прямых данных (в клинических испытаниях или реальной практике), насколько эффективны существующие вакцины против омикрона, пока нет.

По мнению специалистов, вакцины, вероятно, всё еще эффективны в задаче защиты от протекания ковида в тяжелой форме и смерти. Исследовательская группа призывает людей из группы повышенного риска (пожилых, с ослабленным иммунитетом, с хроническими заболеваниями) как можно скорее получить бустерную (дополнительную) дозу вакцины.

 

11 декабря

Согласно исследователям из Медицинского центра имени Хаима Шибы (Израиль), нейтрализующая активность даже трех доз антиковидной мРНК-вакцины «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) разработки «Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech) против штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 в четыре раза ниже, чем против штамма дельта, и в восемь раз ниже, чем против оригинального немутантного коронавируса.

Министерство здравоохранения Израиля рассматривает возможность сокращения времени до назначения третьей (бустерной) дозы вакцины — уже через три месяца после второй. Пусть этого будет всё еще недостаточно для полноценной борьбы с омикроном, но нейтрализующая активность вырастет где-то в сто раз, что внушает определенный оптимизм.

• Third BNT162b2 vaccination neutralization of SARS-CoV-2 Omicron infection. medRxiv, December 14, 2021. [PDF]

 

10 декабря

Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) сделала несколько предположений относительно штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, исходя, впрочем, из пока еще очень ограниченных данных по нему.

Во-первых, омикрон характеризуется более быстрым распространением, чем дельта, причем вне зависимости от того, насколько широко в популяции представлен последний штамм. Неизвестно, связано ли это со способностью омикрона уклоняться от иммунной системы или присущей ему повышенной заразностью.

Во-вторых, вызванная омикроном коронавирусная инфекция, возможно, протекает в менее тяжелой форме, чем вызванная дельтой: все зарегистрированные случаи заболевания были легкими или бессимптомными.

В-третьих, ввиду отсутствия достоверных и отрецензированных доказательств нельзя безоговорочно утверждать, что защитная эффективность антиковидных вакцин в случае омикрона снизится. Хотя существенно измененный антигенный профиль S-белка омикрона указывает на потенциальное уменьшение вакцинной эффективности. Это косвенно подтверждается возросшей частотой повторных заражений в Южной Африке, а также данными in vitro, свидетельствующими о падении нейтрализующей активности сывороток, полученных от вакцинированных и ранее инфицированных.

В-четвертых, омикрон не влияет на диагностическую точность ПЦР-тестов и экспресс-тестов на определение антигенов.

В-пятых, терапевтические интервенции по ведению пациентов с тяжелым или критическим ковидом останутся, как предполагается, без изменений. Разве что необходимо отдельно протестировать моноклональные антитела на предмет их связывания с антигеном и способности нейтрализовать коронавирус.

• Enhancing readiness for Omicron (B.1.1.529): technical brief and priority actions for member states. WHO. December 10, 2021. [PDF]

↓

Национальное агентство по безопасности здравоохранения Великобритании (HSA) заявило, что двух доз противоковидных вакцин «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) авторства «Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech) или «Ваксзевриа»/«Ковишилд» (Vaxzevria/Covishield; AZD1222) разработки «АстраЗенека» (AstraZeneca) недостаточно для надежной защиты от развития симптоматической коронавирусной инфекции COVID-19, вызываемой штаммом омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, а также его штаммом дельта.

Так, две дозы «Комирнати» наделяют защитой от дельты и омикрона на уровне 60% и 40% соответственно, «Ваксзевриа»/«Ковишилд» — 40% и 10%. После третьей (бустерной) дозы «Комирнати» защитная эффективность против омикрона вырастает до 76% среди тех, кто уже получил две дозы «Комирнати», и до 71%, изначально привившихся при помощи «Ваксзевриа»/«Ковишилд». Вакцинная эффективность против дельты вырастает до 90% при любом раскладе.

Штамм омикрон располагает тенденцией к весьма быстрому распространению по планете, поскольку при близких контактах он втрое заразнее, чем штамм дельта, а у людей, ранее заразившихся ковидом и выздоровевших, вдвое больше шансов повторно подхватить омикрон, а не дельту.

• SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 31. December 10, 2021. HSA. [PDF]

↓

Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) опубликовали отчет о наблюдении с описанием 43 случаев заболевания коронавирусным штаммом омикрон (B.1.1.529) в 22 штатах в течение первой недели декабря 2021 года. Не зарегистрировано ни одной смерти и ни одной госпитализации. Большинство случаев пришлось на молодых людей в возрасте 18–39 лет (58%). Среди заболевших омикроном полностью вакцинированные составили 47%, а полностью вакцинированные люди с дополнительной (бустерной) дозой вакцины — еще 33%. Таким образом, 80% полностью вакцинированных людей заболели омикроном по сравнению с 19% невакцинированных.

 

9 декабря

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора» не собирается дорабатывать свою противоковидную пептидную вакцину «ЭпиВакКорона» (EpiVacCorona) под мутационные особенности омикрон-штамма (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, поскольку она, как заявлено, сохраняет свою эффективность против новых вариантов вируса. Впрочем, соответствующая проверка «ЭпиВакКороны» против омикрона уже началась.

↓

Согласно исследованию ученого Хироси Нисиура (Hiroshi Nishiura) из Киотского университета, консультирующего министерство здравоохранения Японии, штамм омикрон (B.1.1.529) SARS-CoV-2 в 4,2 раза (95% ДИ: 2,1–9,1) более трансмиссивен (заразен) на ранней стадии развития коронавирусной инфекции COVID-19, если сравнивать с дельта-штаммом коронавируса. Следует, впрочем, понимать, это не означает, что омикрон более опасен, чем дельта. Нисиура, специализирующийся на математическом моделировании инфекционных заболеваний, ранее осуществил анализ дельта-штамма — в преддверии Олимпийских игр в Токио.

• Research. [PDF]

 

8 декабря

Медицинский факультет имени Ли Кашина Гонконгского университета (HKUMed) опубликовал электронные микрофотографии штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, заразившего клетки эпителия почки африканской зеленой мартышки (линия Vero E6).

На снимке слева (малое увеличение) изображены поврежденные клетки с набухшими везикулами, содержащими маленькие черные вирусные частицы. На снимке справа (большое увеличение) видны скопления вирусных частиц с шипами в форме короны на их поверхности (красная рамка).

• Изображение в высоком разрешении доступно здесь.

↓

«АстраЗенека» (AstraZeneca) предложила «Эвушелд» (Evusheld, тиксагевимаб + цилгавимаб) — коктейль из двух моноклональных антител, однократная инъекция которых защищает от ковида на протяжении не менее чем полугода. «Эвушелд» проходит тщательное изучение в его способности защищать от штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2.

↓

«Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech) сообщили, что антитела в сыворотке крови, выработка которых была индуцирована противоковидной мРНК-вакциной «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2), нейтрализуют штамм омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2 после трех доз этой вакцины.

Лабораторные исследования показали, что сыворотки привитых людей, взятые через месяц после получения третьей (бустерной) дозы вакцины «Комирнати», нейтрализовали омикрон до уровня, сравнимого с уровнем нейтрализации исходного немутантного варианта SARS-CoV-2 после получения двух доз вакцины. Без бустера уровень нейтрализующих антител против омикрона был в 25 раз ниже.

Согласно «Пфайзер» и «Байонтек», для надежной защиты от омикрона в обязательном порядке необходима третья доза вакцины.

Попутно партнеры разрабатывают версию «Комирнати», измененную под мутационные особенности омикрона. Первые партии обновленной вакцины будут готовы к марту 2022 года.

• BioNTech. Omicron variant (B.1.1.529). December 8, 2021. [PDF]

 

7 декабря

«Ксевуди» (Xevudy, сотровимаб) — моноклональное тело разработки «ГлаксоСмитКляйн» (GlaxoSmithKline) и «Вир байотекнолоджи» (Vir Biotechnology), подтвердило нейтрализующую активность против штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2. Во всяком случае это следует из его тестирования in vitro. «Ксевуди» применяется для лечения легко-умеренного ковида у пациентов в группе риска прогрессирования заболевания до тяжелой формы, которая может привести к госпитализации или смерти.

• The dual function monoclonal antibodies VIR-7831 and VIR-7832 demonstrate potent in vitro and in vivo activity against SARS-CoV-2. biorxiv, December 07, 2021. [PDF]
• Omicron Conference Call Presentation. Vir Biotechnology, December 7, 2021. [PDF]

↓

«Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2), антиковидная мРНК-вакцина против COVID-19 авторства «Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech), наделяет существенно сниженным иммунитетом к штамму омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, но третья (бустерная) доза всё же может помочь. Это следует из результатов лабораторных испытаний, проведенных в Африканском научно-исследовательском институте здравоохранения в Дурбане (ЮАР) и обнаруживших, что уровень вырабатываемых с подачи вакцины нейтрализующих антител против омикрона в 41 раз ниже по сравнению с оригинальным немутантным коронавирусом.

По мнению специалистов, в условиях штамма омикрон защита от заражения ковидом, которой наделяет вакцина «Комирнати», будет серьезно снижена — ее эффективность упадет до 22,5% (95% ДИ: 8,5–40,7), однако она сохранится с позиций предотвращения развития тяжелого заболевания, поскольку в данном случае высоких уровней нейтрализующих антител не требуется ввиду сформированного поствакцинального T-клеточного иммунитета.

• SARS-CoV-2 Omicron has extensive but incomplete escape of Pfizer BNT162b2 elicited neutralization and requires ACE2 for infection. medRxiv, December 11, 2021. [PDF]

 

Ноябрь 2021 года

30 ноября

«Иновио фармасьютикалс» (Inovio Pharmaceuticals) поделилась планами в отношении разработки противоковидных ДНК-вакцин, учитывающих мутационные особенности штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2. Речь идет о вакцине INO-4800, которая еще проходит два клинических испытания фазы III, и вакцинном-кандидате INO-4802, который потенциально сохраняет эффективность вне зависимости от штаммов коронавируса, существующих и грядущих. В задаче противостояния омикрону будет оценена нейтрализующая активность сывороточных образцов пациентов, привитых INO-4800, и доклинических проб животных моделей, на которых испытывалась INO-4802.

 

29 ноября

Китайская «Синовак байотек» (Sinovac Biotech) не могла не примкнуть к вакцинной гонке в борьбе с омикроном. Даром что ли ее противоковидная инактивированная цельновирионная вакцина «Коронавак» (CoronaVac) считается самой распространенной в мире: по оценкам Airfinity, на середину 2021 года было выпущено 943 млн ее доз, а к концу года будет предложено свыше 2,91 млрд доз. «Синовак» готова наладить через три месяца выпуск «Коронавак», оптимизированной под мутационные комбинации штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, но только если в этом будет необходимость. Ранее «Синовак» разработала модификации «Коронавак», учитывающие особенности штаммов гамма и дельта, но в массовое производство их не пустила, поскольку исходная вакцина неплохо с ними справляется.

↓

«Ададжио терапьютикс» (Adagio Therapeutics) уведомила, что разрабатываемое ею моноклональное антитело ADG20 против нового коронавируса SARS-CoV-2 сохранит должную нейтрализующую активность в отношении его штамма омикрон (B.1.1.529). Указанное возможно потому, что ADG20 таргетировано на высококонсервативный и избегающий мутаций эпитоп рецептор-связывающего домена (RBD) S-белка коронавируса.

Если всё пойдет удачно, ADG20 встанет на коммерческие рельсы во второй половине 2022 года. «Ададжио» надеется, что одной внутримышечной инъекции ADG20 будет достаточно для надежной и продолжительной (не менее чем 6 месяцев) профилактики развития симптоматической коронавирусной инфекции COVID-19, а также ее лечения, если таковая всё же проявилась.

↓

«Янссен» (Janssen) в составе «Джонсон энд Джонсон» (Johnson & Johnson), стоящая за разработкой антиковидной вирус-векторной вакцины Ad26.COV2.S, приступила к ее проверке против штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2. Для этого проводится тестирование сыворотки крови участников завершенных и текущих клинических испытаний с целью выявления нейтрализующей активности Ad26.COV2.S против омикрона. Попутно идет разработка обновленного варианта вакцины, специфичного под мутационные особенности омикрона.

↓

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи заявил, что начал разработку противоковидной вирус-векторной вакцины «Спутник V» (Sputnik V), также известной как «Гам-КОВИД-Вак» (Gam-COVID-Vac), модифицированной под особенности штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2. Ее готовность к масштабному производству ожидается в 45-дневные сроки. Утверждается также, что однокомпонентная вакцина «Спутник Лайт» (Sputnik Light) сохраняет должную эффективность в отношении омикрона.

 

27 ноября

«Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech) готовы предложить противоковидную мРНК-вакцину «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2), модифицированную под мутационную специфику штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2. Для выпуска новинки понадобится приблизительно 100 дней. Указанное справедливо в том случае, если нынешняя версия «Комирнати» окажется не слишком эффективной в борьбе с омикроном.

 

26 ноября

«Новавакс» (Novavax) занялась проверкой, пригодна ли ее «Кововакс»/«Нуваксовид» (Covovax/Nuvaxovid; NVX-CoV2373), антиковидная рекомбинантная вакцина из наночастиц, для организации надежной защиты от штамма омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2. «Новавакс» протестирует равно как «Кововакс»/«Нуваксовид», уже одобренную в Индонезии и на Филиппинах, так и начнет разработку ее модификации, учитывающей специфику мутаций омикрона. Должная вакцина может появиться в январе 2022 года.

↓

«Модерна» (Moderna) раскрыла стратегию противодействия штамму омикрон (B.1.1.529) коронавируса SARS-CoV-2, намереваясь реализовать ее сразу по трем векторам.

Во-первых, исходная мРНК-вакцина «Спайквакс» (Spikevax, эласомеран; mRNA-1273) будет опробована в удвоенной бустерной дозе (100 мкг). Во-вторых, проходят клиническую проверку два мультивалентных бустерных вакцинных кандидата: mRNA-1273.211 включает несколько мутаций омикрона, которые также есть у бета-штамма SARS-CoV-2, а экспериментальный бустер mRNA-1273.213 содержит ряд мутаций омикрона, которые присутствуют в дельта-штамме. В-третьих, изучается бустерный вакцинный кандидат mRNA-1273.529, полностью разработанный под специфику омикрона.

Подходящая под мутационные особенности омикрона мРНК-вакцина авторства «Модерна» может появиться в начале 2022 года.

 

Штамм омикрон: только факты

Общая информация

Штамм омикрон (линия B.1.1.529) — это мутантный вариант нового коронавируса SARS-CoV-2, о котором было сообщено мировой общественности 24 ноября 2021 года. Первые случаи омикрона начали регистрироваться 9 ноября. [1] [2] [3] [4]

26 ноября Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) внесла омикрон в список мутаций коронавируса, вызывающих озабоченность. [5]

• В этот список попадают штаммы SARS-CoV-2, несущие потенциальную опасность для человечества ввиду таких критериев, как, например, повышенная заразность, заболеваемость или смертность, способность уклоняться от существующих вакцин или противовирусных препаратов, обходить естественный иммунитет (риск реинфекции) или заражать вакцинированных лиц и т. п.

Штамм омикрон, который родом, как предполагается, из Южно-Африканской Республики (ЮАР), быстро распространяется по всей планете. Он содержит свыше 30 мутаций в S-белке SARS-CoV-2, включая мутации, которые присутствуют в других штаммах и которые связаны с повышенной трансмиссивностью коронавируса и снижением его восприимчивости к нейтрализующим антителам, в том числе терапевтическим моноклональным антителам.

На дату 14 января 2022 года число подтвержденных случаев заболевания омикроном, составляло 595 532. [6]

Согласно оценкам Европейского центра профилактики и контроля заболеваний (ECDC), сделанным на дату 2 декабря 2021 года, штамм омикрон может стать доминирующим штаммом коронавируса в Европе к марту 2022 года. [7] Связано это с тем, что при близких контактах омикрон втрое заразнее, чем вариант дельта, а у людей, ранее заразившихся ковидом и выздоровевших, вдвое больше шансов повторно подхватить омикрон, а не дельту. [8] Кроме того, омикрон в 70 раз быстрее реплицируется в бронхах, чем дельта и немутантный оригинальный SARS-COV-2, что резко увеличивает его заразность. [9]

• Implications of the further emergence and spread of the SARS-CoV-2 B.1.1.529 variant of concern (Omicron) for the EU/EEA – first update. ECDC. December 2, 2021. [PDF]
• SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 31. December 10, 2021. HSA. [PDF]

 

Особенности генетики

Геном штамма омикрон коронавируса SARS-CoV-2 содержит в общей сложности 60 мутаций по сравнению с оригинальным вирусом из Уханя: 50 несинонимичных мутаций, 8 синонимичных мутаций и 2 некодирующие мутации.

34 мутации затрагивают S-белок (30 аминокислотных замен, 3 мелких делеции, 1 мелкая вставка) — основную антигенную мишень антител, образующихся при инфекциях, и большинства вакцин. Многие из этих мутаций в других штаммах не наблюдались. Что примечательно, 15 из 30 аминокислотных замен находятся в рецептор-связывающем домене (RBD).

• Ключевые аминокислотные замены в S-белке (замены в RBD выделены жирным) следующие: A67V, del69-70, T95I, del142-144, Y145D, del211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F

Исходя из мутаций омикрона, можно сделать несколько предположений на предмет степени его трансмиссивности (заразности). [1] Так, к примеру, N501Y усиливает связывание с рецептором ангиотензинпревращающего фермента 2 (ACE2), что может повысить заразность, а сочетание N501Y и Q498R еще больше увеличивает сродство связывания. Однако другие замены в S-белке, как считается, уменьшат связывание с ACE2. Таким образом, аффинность связывания с ACE2-рецептором должна быть оценена с использованием всего спектра замен в S-белке омикрона.

H655Y и N679K находятся ближе к сайту расщепления фурина, характеризующемуся многоосновной природой, что может усилить расщепление S-белка, тем самым способствуя росту заразности.

P681H усиливает расщепление S-белка, увеличивая заразность. Эта мутация встречается в альфа-штамме, притом что альтернативная мутация (P681R) присутствует в дельта-штамме.

 

Клинические характеристики

Клинические последствия комбинации мутаций в омикроне пока точно неясны. Согласно ограниченному набору данных, омикрон, будучи более заразным, умеет ускользать от гуморального иммунитета, сформированного после перенесенной коронавирусой инфекции или индуцированного вакциной, и характеризуется повышенным риском повторного заражения лиц, прежде инфицированных другими штаммами коронавируса.

Так, в неопубликованном исследовании, оценивающем данные национального эпидемиологического надзора в Южной Африке, соотношение реинфекций (повторный положительный тест не менее чем через 90 дней после предыдущего положительного теста) и первичных инфекций было выше в начале волны заболеваемости, связанной со штаммом омикрон, по сравнению со всплесками, связанными со штаммами бета и дельта: 0,25 против 0,12 и 0,09. [1]

И хотя эти данные позволяют предположить, что риск повторного заражения может быть выше при омикроне, они не учитывают возможности того, что изменения в схемах тестирования или переменные риски заражения могут способствовать наблюдаемым различиям.

Риск тяжелого заболевания при заражении омикроном может быть ниже, чем при заражении другими штаммами SARS-CoV-2.

Неофициальный отчет из южноафриканской больницы, находившейся в центре вспышки, показал, что только 33% из 42 пациентов с COVID-19 потребовался дополнительный кислород (это ниже, чем в начале предыдущих вспышек), притом что 8 из 9 человек с пневмонией, вызванной ковидом, были невакцинированы. Однако делать безоговорочные выводы на основании этих небольших и ранних сообщений решительно преждевременно. [2]

Согласно масштабному анализу 211 тыс. случаев омикрона в ЮАР, его клинические особенности включают укороченный до трех-четырех дней инкубационный период и главным образом легкое течение болезни с выздоровлением в течение трех дней. [3]

Случаи омикрона из других стран также свидетельствуют о легком или бессимптомном течении ковида, вызванного омикроном. [4] [5]

Относительно легкое течение болезни может отражать более молодой возраст людей, пострадавших на данном этапе вспышки омикрона (или более высокую долю реинфекций), а поскольку между появлением симптомов и развитием респираторных осложнений часто происходит задержка, степень тяжести клинических проявлений может быть не очевидна в течение нескольких недель.

 

Симптомы и признаки

Большинство симптоматических проявлений омикрона совпадает с таковыми при обычной простуде. Симптомы и признаки омикрона включают: насморк, головную боль, усталость, чихание, першение или боль в горле, боль в мышцах (особенно в пояснице). [1] [2]

Ковид, вызванный омикроном, существенно реже характеризуется такими классическими симптомами, как лихорадка, сухой кашель и потеря обоняния, которые были ярко выражены при других штаммах коронавируса.

 

Диагностика

Одной из мутаций в штамме омикрон является делеция в S-белке, приводящая к неспособности некоторых молекулярных тестов на наличие SARS-CoV-2 обнаруживать соответствующий ген, кодирующий S-белок. Впрочем, эти тесты все равно смогут выявить вирусную РНК, поскольку они используют более одного гена-мишени и, таким образом, не приведут к ложноотрицательным результатам. [1] Хотя пара-тройка тестов, проваливающих проверку на омикрон, всё же имеется. [2]

Подобное изменение гена S-белка может быть использовано в качестве маркера для выявления штамма омикрон, но с оговоркой, что данное изменение может произойти и в других штаммах, например альфа.

Тестирование на антигены коронавируса, которое в основном опирается на выявление его нуклеокапсидного белка, от омикрона не пострадает.

 

Эффективность лечения

Моноклональные антитела, широко представленные на рынке, вряд ли помогут в лечении или профилактике ковида, вызванного омикроном. Во всяком случае их нейтрализующая активность in vitro резко падает в присутствии омикрона. [1] [2] [3] [4] [5]

Есть, правда, несколько моноклональных антител, которые подтвердили свою способность бороться с омикроном — во всяком случае их нейтрализующая активность снизилась не настолько сильно, чтобы смело говорить об исчезновении эффективности. Среди таковых:

• Моноклональное антитело сотровимаб (sotrovimab, VIR-7831, GSK4182136), разработанное «ГлаксоСмитКляйн» (GlaxoSmithKline) и «Вир байотекнолоджи» (Vir Biotechnology) и известное под брендовым наименованием «Ксевуди» (Xevudy).
• Проходящая под названием «Эвушелд» (Evusheld, AZD7442) комбинация моноклональных антител тиксагевимаб (tixagevimab, AZD8895) и цилгавимаб (cilgavimab, AZD1061) авторства «АстраЗенека» (AstraZeneca).
• Моноклональное антитело ромлусевимабом (romlusevimab, BRII-198) китайской «Брии байосайенсиз» (Brii Biosciences). Оно одобрено для применения вместе с амубарвимабом (amubarvimab, BRII-196), но последний с омикроном не справился.

 

Эффективность вакцин

Влияние мутаций в штамме омикрон на эффективность противоковидных вакцин пока неясно. Несколько предварительных неопубликованных и неотрецензированных отчетов свидетельствуют о следующем. Во-первых, in vitro нейтрализующая активность сывороток вакцинированных лиц в 20–40 раз ниже против омикрона, чем против изначального немутантного вируса дикого типа. Во-вторых, ранее инфицированные лица, прошедшие вакцинацию, и лица, получившие бустерную (третью) дозу вакцины, сохраняют адекватные нейтрализующие титры против омикрона. В-третьих, эффективность вакцин, возможно, снизится, в особенности в задаче предотвращения заражения, но не для профилактики развития тяжелого ковида. [1] [2] [3] [4]

• Reduced neutralization of SARS-CoV-2 Omicron variant by vaccine sera and monoclonal antibodies. medRxiv, December 11, 2021. [PDF]
• Quantification of the neutralization resistance of the Omicron Variant of Concern. Preprint. [PDF]
• SARS-CoV-2 Omicron has extensive but incomplete escape of Pfizer BNT162b2 elicited neutralization and requires ACE2 for infection. medRxiv, December 11, 2021. [PDF]
• BioNTech. Omicron variant (B.1.1.529). December 8, 2021. [PDF]

Как бы то ни было, клинические последствия вышеобозначенных результатов в отношении вакцин неизвестны — в частности потому, что нейтрализующая активность может быть не единственной линией иммунной защиты, так как еще есть клеточный иммунитет, обеспечивающий перекрестную защиту от различных штаммов SARS-CoV-2. [5]

• mRNA vaccines induce durable immune memory to SARS-CoV-2 and variants of concern. Science. 2021 Dec 3;374(6572):abm0829. [PDF]

При всём при том предварительные данные должны быть подтверждены крупномасштабными исследованиями, включающими сыворотки от людей с различными иммунологическими профилями (например, получивших разные марки вакцин или дополнительные дозы вакцин, а также перенесших инфекцию различной тяжести), а также сыворотки, собранные в разное время после заражения и/или вакцинации.

Согласно масштабному анализу 211 тыс. случаев омикрона в ЮАР, две дозы мРНК-вакцины «Комирнати» (Comirnaty, тозинамеран; BNT162b2) разработки «Пфайзер» (Pfizer) и «Байонтек» (BioNTech) обеспечили защиту (в сравнении с невакцинированными людьми) на уровне 70% против развития вызванной омикроном коронавирусной инфекции COVID-19 в тяжелой или критической форме, требующей госпитализации, и на уровне 33% против развития симптоматического ковида. Для сравнения: против дельта-штамма вакцина «Комирнати» защищала лучше — на уровне 93% и 80% соответственно. [6]